 L'église Saint-Maclou fut construite vers 1150 sur l'emplacement d'une chapelle dédiée à saint Eustache, sous le règne de Louis VII.
Du XIIe au XVIe siècle : du plan initial très simple (façade romane, nef à 5 travées, 2 collatéraux, court transept avec un clocher central carré, un choeur entouré d'un déambulatoire à cinq chapelles rayonnantes) ne restent que le transept, les piles, colonnes et arcades du déambulatoire, et dans la nef côté nord, les contreforts et arcs "formerets" dans la partie haute du mur. Au XVe siècle, il fallut agrandir. On démonta la façade romane et on édifia en avant, une façade gothique reliée par deux nouvelles travées à l'ancienne nef.
Lors de la Renaissance, sous François 1er, on abattit le mur du bas-côté nord qui sera remplacé par un double collatéral encore intact aujourd'hui. Quatre chapelles latérales furent crées, puis celle de la Passion ; une porte fut ouverte vers le cimetière de l'époque (donnant actuellement, place du Grand-Martroy). Vers 1560, le bas-côté sud fut transformé : il fut agrandi au ras de la rue (de l'Hôtel de Ville actuelle) dont il épousa l'oblique ; furent créées la chapelle de la Vierge et les trois suivantes. Un nouveau clocher fut érigé.
 Le XVIIIe siècle fut catastrophique pour l'édifice : changement des vitraux du XVIe siècle, remplacés par du verre blanc ! pose d'un enduit blanc tenace sur les murs à l'intérieur, très violent orage en 1788 et en 1792, le saccage révolutionnaire....
La période contemporaine : en 1852, l'église fut classée monument historique et Viollet-le-duc fit entamer des restaurations. En juin 1940, elle subit des dégâts, réparés par la suite.
Le 3 septembre 1944, un Te Deum est chanté à l'occasion de la Libération de Pontoise.
En 1966, lors de la création des nouveaux départements autour de Paris, le pape Paul VI créa un nouveau diocèse et l'église Saint-Maclou fut érigée alors au rang de cathédrale. Le premier évêque de ce nouveau diocèse fut Mgr Rousset.
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